Além dos detalhes que o
@Tauguro trouxe, a versão FES ainda tem um epílogo que adiciona 30h de jogo, mas esta versão tem uma IA bem ruim e nessa versão seu grupo tem "vontade própria". Nos combates você não pode selecionar as ações deles, eles tem movimentos e ações automáticos. No P3P, você já consegue escolher as ações dos seus aliados (qual ataque usar, qual magia usar...) mais comum em JRPG além de melhorias de mecânicas do jogo e balanceamento. Mas eles tiveram que sacrificar coisas do jogo por causa que era feito pra console portátil.